虽然根治成功率颇高，但也有很多根治失败的情况，用药不合理，用药依从性不好，不能按时按量按疗程服药，药物不耐受，因副作用大而停药，都有可能引起幽门螺旋杆菌根治的失败。而即使根治成功，如果生活上不注意，幽门螺旋杆菌也很容易重复感染。
